بامداد نهم مرداد سال ١٢٨٨ انقلابيون بعد از محاكمه شيخ فضل الله نورى، او را به ميدان توپخانه برده و اعدامش كردند.
روایت غلطی در سال های اخیر در کتاب های درسی و نشریات درباره مقاومت فضل الله نوری منتشر شده که واقعی نیست.
ناظم اسلام كرمانى مينويسد؛ بعد از دستگيرى شيخ را بردند به اتاق خورشید. او را در محل استنطاق نشانیده، ابتدا قاضی دادگاه آخوند ابراهیم زنجانی از او پرسیدند:
شما که در اول امر مشروطه خواه بودید، حکم به وجوب مشروطیت دادید، به قم مهاجرت نمودید، چرا از قول و حکم خود نکول (خودداری از سوگند) کردید؟
حاج شیخ فضلالله جواب داد:
من از اول تاکنون مشروطه خواه بوده و میباشم، همه وقت متابعت جناب آخوند ملاکاظم را نموده ام.
در جواب او گفتند:
پس چرا بعد نوشتید مشروطه حرام است؟ شیخ منکر شد که من هرگز چنین چیزی ننوشتهام. نوشته شیخ را که ما سابقاً درج نمودیم به او ارائه دادند که در آن نوشته بود ما مشروطه نمیخواهیم و مشروطه مخالفت با قوانین اسلام دارد.
شیخ گفت:
دیگران این نوشته را مهر کردند، منهم از ترس شاه مهر کردم.
